Högre spänning låter som en tänkbar lösning för bättre verkningsgrad, en annan lösning skulle vara en elektronikbox mycket nära generatorn som dels likriktar med lägre spänningsfall än man kan åstadkomma med dioder, dels tar upp spänningen för att minimera kabelförlusterna.
Helst skulle jag se att även MPPT:n satt direkt vid generatorn och även skötte likriktningen, då hade man löst en hel del problem. Har man då en väl reglerad och optimerad spänning ut från den kan laddregulatorn göras väldigt mycket enklare. Jag kan även tänka mig en tunn sensorledning som ger MPPT:n återkoppling från andra änden av ledningen så att man kan kompensera för kabelförlusterna, och som kanske även kan kommunisera med laddregulatorn.
Jag är ganska säker på att bästa lösningen för likriktning är kraftiga MOSFET som ju inte har samma nästan konstanta spänningsfall som dioder utan är rent resisiva, ju fler/kraftigare MOSFET desto lägre spänningsfall vid samma ström. 0,7V spänningsfall från en diod innebär nära 10% förlust, och med helvågslikriktning blir den det dubbla - strömmen skall igenom två dioder. Det är nu inte helt sant eftersom generatorn under varje period är helt obelastad tills spänningen överstiger diodernas framspänningsfall, men i praktiken förlorar man alltså en hel del energi.
Sedan skulle jag gärna se att man delar upp problemet lite, mät vad själva snurran ger för effekt vid olika vindhastighet genom att mekaniskt mäta vridmomet, och/eller mät upp generatorn i bänk för att se exakt vad den ger vid olika varvtal och belastningar. Känner man generatorns prestanda och egenskaper exakt kan man ju tänka sig att sedan använda den som mätgivare för snurran, men då måste man eliminera alla okända variabler först.

Svenska
English